Manchester-Liverpool Road là ga đường sắt được xây với mục đích chở khách và chở hàng đầu tiên trên thế giới,[104] và giữ vai trò là điểm cuối Manchester trên tuyến đường sắt Liverpool và Manchester – tuyến đường sắt chở khách liên thành thị đầu tiên trên thế giới. Ngày nay thành phố có mạng lưới đường sắt phục vụ tốt,[105] và nằm tại trung tâm một mạng lưới đường sắt toàn cấp hạt quy mô lớn, bao gồm West Coast Main Line với hai ga tuyến chính: Manchester Piccadilly và Manchester Victoria. Nhóm ga Manchester gồm có Manchester Piccadilly, Manchester Victoria, Manchester Oxford Road và Deansgate – là nhóm ga nhộn nhịp thứ tư tại Anh Quốc, với 41,7 triệu hành khách được ghi nhận vào năm 2013.[106] Ngày 7 tháng 2 năm 2014, việc xây dựng dự án Northern Hub được khởi đầu tại ga đường sắt Manchester Airport, dự án nhằm mục tiêu tăng công suất và giảm thời gian hành trình trên khắp miền bắc của Anh.[107] Dự án High Speed 2 liên kết đến Birmingham và Luân Đôn cũng được lập kế hoạch, theo dự án này sẽ có một đường hầm dài 12 km bên dưới Manchester để tiếp cận ga Piccadilly sẽ được nâng cấp.[108]

Manchester là thành phố đầu tiên tại Anh Quốc có được hệ thống xe điện đường sắt nhẹ hiện đại, khi Manchester Metrolink khánh thành vào năm 1992. Năm 2016–17, 37,8 triệu lượt hành khách sử dụng mạng lưới này.[110] Hệ thống hiện hầu hết chạy trên các tuyến đường sắt đô thị cũ được chuyển đổi sang sử dụng đường sắt nhẹ, và đi qua trung tâm thành phố qua các tuyến xe điện trên phố.[111] Mạng lưới gồm có bảy tuyến với 93 điểm dừng.[112] Một tuyến mới đến Trafford Centre được xây dựng và dự kiến khánh thành vào năm 2020.[113][114] Trung tâm thành phố Manchester có có cả chục điểm trung chuyển chủ yếu phục vụ đường sắt nặng và nhẹ.[115]

Manchester có một trong các mạng lưới xe buýt dày đặc nhất tại Anh bên ngoài Luân Đôn, có trên 50 công ty xe buýt hoạt động tại Đại Manchester toả ra từ thành phố. Năm 2011, 80% các hành trình giao thông công cộng tại Manchester sử dụng xe buýt, tổng số là 220 triệu hành trình hành khách bằng xe buýt mỗi năm.[116] Sau khi giảm thiểu quy định vào năm 1986, hệ thống xe buýt được GM Buses tiếp quản, sau khi tư hữu hoá thì được phân thành GM Buses North và GM Buses South và tiếp đó chúng lần lượt được tiếp quản bởi First Greater Manchester và Stagecoach Manchester.[117] First Greater Manchester cũng vận hành ba tuyến dịch vụ xe buýt miễn phí gọi là Metroshuttle, chúng vận chuyển 2,8 triệu lượt khách đi lại mỗi năm[116] quanh các khu kinh doanh của Manchester.[118] Stagecoach Manchester là công ty con lớn nhất của Stagecoach Group và điều hành khoảng 690 xe buýt.[119]

Sân bay Manchester phục vụ Manchester cũng như cả Bắc Anh và Bắc Wales. Đây là sân bay nhộn nhịp thứ ba tại Anh Quốc và đứng thứ nhất bên ngoài khu vực Luân Đôn. Sân bay có các dịch vụ hàng không đến nhiều địa điểm tại châu Âu, Bắc Mỹ, Caribe, châu Phi, Trung Đông và châu Á.[120] Một đường băng thứ nhì được khánh thành vào năm 2001 và tiếp tục có các cải thiện về nhà ga. Sân bay có các hãng hàng không hàng đầu, họ có thể vận hành các máy bay cỡ lớn như Airbus A380 và Boeing 747-8.[121] Từ tháng 9 năm 2010, sân bay này trở thành một trong 17 sân bay trên thế giới và là sân bay duy nhất bên ngoài sân bay Heathrow tại Anh có hoạt động của Airbus A380.[122]

Một sân bay nhỏ hơn là City Airport Manchester nằm cách trung tâm thành phố 9,3 km về phía tây. Đây là sân bay đô thị đầu tiên của Manchester và trở thành địa điểm có tháp điều khiển không lưu đầu tiên tại Anh Quốc, và là sân bay đô thị đầu tiên tại Anh Quốc được Bộ Hàng không cấp giấy phép.[123] Hiện nay, các chuyến bay thuê bao và hàng không chung sử dụng sân bay này, nó cũng có một trường huấn luyện bay,[124] và đơn vị hỗ trợ hàng không cảnh sát Đại Manchester cũng như cứu hộ hàng không North West đều có các trực thăng đặt tại sân bay nay.

Manchester có một mạng lưới kênh đào quy mô rộng, bao gồm kênh đào tàu thuỷ (Manchester Ship Canal) được xây dựng để phục vụ cho việc trở hàng từ thời cách mạng công nghiệp trở đi; các kênh đào vẫn được duy trì, song hiện phần lớn được chuyển hướng sang mục đích phục vụ thư giãn.[125] Năm 2012, chính quyền phê chuẩn các kế hoạch nhằm giới thiệu dịch vụ taxi nước giữa trung tâm thành phố Manchester và MediaCityUK tại Salford Quays.[126]